Я слышал, что в самолетах-разведчиках есть мощные блоки по размагничиванию винчестеров. И вроде бы они вызывают большие проблемы в эксплуатации.

А почему бы не заменить размагничивание использованием зашифрованных дисков, хотя бы с помощью PGP Disk (True Crypt, Etc), естественно адаптированных под реалии военной службы. Сломать шифр невозможно, по идее.